Секвенираха цяла ботаническа градина

Статия, публикувана наскоро в списание със свободен достъп „GigaScience“, предоставя данни, които утрояват броя на растителните видове със секвенирани геноми. Това изследване е резултат от нарастващите усилия на научната общност да секвенира повече растителни геноми, за да помогне за разбирането на сложна еволюция на растенията и да предостави практическа информация за повишаване на добивите от земеделски култури. Към днешна дата около 350 растителни генома са секвенирани. Желанието за повече секвенирани растителни геномни наскоро бе показано с обявяването на „10KP“проекта, който има за цел да секвенира 10 000 растителни генома за да разкрие еволюцията на растенията. Това изследване предоставя изображения, сурови данни от секвенирането, сглобени хлоропластни геноми и първични сглобени ядрени геноми – всички те са свободно достъпни. Тази данни са едно дигитално представяне на цялата ботаническа градина.

Изследователи от Китайската национална генбанка, BGI и Бюро по горите на Руили, Китай, са събрали и секвенирали 761 проби, представляващи 689 вида растения от 137 семейства и 49 рода. Растителните проби са от и около 500 -хектара Ботаническа градина в Руили, субтропична част на Китай, граничеща с Мианмар. Тъй като се намира в богата на биологични видове част на Китай, ботаническата градината защитава застрашени и китайски ендемични видове растения. Този проект е първият в света научен опит за дигитализиране на цялата ботаническа градина, базирано на данни за генома и хербариините образци.

В допълнение към основното предизвикателство за ДНК секвениране на голям брой видове, друга основна задача на научната работа е да се увеличи идентификацията на видовете, да се цифровизират изображенията на образците и да се изгради нов хербарий за тяхното съхранение в новия хербарий на Китайска национална генбанка (CNGB) в Шенжен. Досега 761 образци, секвенирането и хлоропластните данни са дали възможност за идентифициране на 257 растения на ниво вид и 504 на ниво семейство.

За да се насърчи по-широкото споделяне на данни, отколкото само да се предоставят данни за секвенирането, изследователите също така правят достъпните цифрови изображения и осигуряват достъп до хербариума. Хербариумът (HCNGB) служи като база данни от живи растения, която записва положението на видовете, отглеждани в Ботаническата градина Руили и следи състоянието на всеки вид.

Всички цифрови данни, генерирани тук са достъпни чрез базата данни NCBI SRA, GigaScience GigaDB и China National GeneBank CNSA. Освен това, за да се даде възможност за търсене в данните и за актуализиране на идентификацията на геноми и видове, метаданните се индексирани и свързвани чрез Datacite и GigaDB. И всички ресурси се разпространяват без ограничения.

Liu H. et al. Molecular digitization of a botanical garden: high-depth whole genome sequencing of 689 vascular plant species from the Ruili Botanical Garden, GigaScience (2019). DOI: 10.1093/gigascience/giz007

Liu H et al. (2019): Genomic and Imaging Data Supporting the Digitization of Ruili Botanical Garden GigaScience Database. DOI: 10.5524/100502

Source: Phys.org

Share on FacebookShare on Google+Tweet about this on TwitterShare on LinkedInPrint this page