Екип от учени от Франция, Италия, Германия, Холандия и Южна Африка публикуваха наскоро секвенираният геном на ябълката в сп. „Nature Genetics“. Тези данни ще улеснят насочената селекция за нови сортове ябълки с повишена устойчивост към болести и по-качествени плодове.
Геномната секвенция дава нов поглед върху организацията на ябълковия геном. Чрез РНК секвениране са валидирани 93% от 42 000 предполагаеми гени. Това е важно за идентифицирането на гени, които контролират качества от интерес и за разработването на ДНК-диагностични тестове, което ще ускори създаването на нови сортове.
Използването на така наречения дихапллоиден сорт ябълка е съществен за успеха на това изследване. Ябълката е кръстосано опрашващ се вид, което прави генома и хетерозиготен. Също така ябълката произхожда от кръстосването между два различни вида, свързано с дупликация на целия геном. В резултат, всеки сорт ябълка има до четири варианта на всяка своя ДНК последователност. Дихаплоидният геном, използван при това изследване е специален, защото има само до два варианта на всяка ДНК последователност. Това значително улеснява секвенирането на генома на ябълката.
Проучването на ябълковия геном включва и изследване на начините на дупликация на 17-те хромозоми на ябълката. Това подпомага откриването на копия на гени със сходна функция. Открити са нов вид повтарящи се последователности, които вероятно са специфични за центромерите, което дава нов поглед върху деленето и репликацията на хромозомите.
High-quality de novo assembly of the apple genome and methylome dynamics of early fruit development, Nature Genetics (2017). nature.com/articles/doi:10.1038/ng.3886
Източник: Рhys.org
